Омикрон из лаборатории: эволюция или разумный дизайн?

Обсуждать искусственное происхождение коронавируса SARS-CoV-2 уже не модно. Поэтому теперь все обсуждают новую теорию заговора, что искусственно создан вариант SARS-CoV-2 «Омикрон».

В интервью для Радио России член-корреспондент РАН, главный научный сотрудник Института молекулярной биологии Российской академии наук Петр Чумаков заявил:

«Совершенно очевидно, что это одних рук дело. Опять же это теория заговора. Но я считаю, что это так. Сейчас решили прекратить пандемию, потому что настала пора решительных изменений в мире. В ближайшие три-четыре месяца будет очень многое меняться. Прекратить пандемию решил тот же, кто ее и запустил. Почему я так считаю? Посмотрите, что это за мутация. Это не просто мутация. Они собрали все мутации, которые были известны, которые встречались в этом вирусе уже спонтанно. То есть когда он эволюционировал, там возникали какие-то мутации, которые вызывали какие-то изменения в его свойствах. Более того, они ввели еще вставочку из трех аминокислот. Как она могла возникнуть так независимо в этом штамме – никто не может объяснить. Они сделали такой супер-ослабленный штамм. Я, как человек, который много занимался биоселекцией вирусов с другими целями – для того, чтобы как раз ослабить их свойство, я понимаю, что эта задача довольно простая. Почему его выпустили в Африке? Потому что там очень много ВИЧ-инфицированных людей. И когда встанет вопрос: “А почему он так быстро и так много набрал?”, – это объясняется. Но все равно это очень странно, почему это именно один вариант такой собрался, набрал сразу 32 мутации. А у других вроде бы там все “дельта”. У меня такое впечатление, что это все действительно искусственное: и начало, и конец. И сейчас просто настал такой момент, когда по каким-то политическим соображениям решили быстренько завернуть пандемию».

Первое, что бросается в глаза: версия об искусственном происхождении «Омикрона» вбрасывается в СМИ, минуя профильные научные журналы. Если автор так уверен в своей гипотезе («совершенно очевидно»), ждем научную статью.

Далее удивляет уверенность автора в том, что современная наука в состоянии победить один вирус другим выпущенным вирусом. Про вариант «Омикрон» нам пока известно очень мало. Не ясно насколько он смертелен по сравнению с «Дельтой» и другими вариантами. Данные о смертях приходят с запозданием (обычно люди болеют около двух недель перед смертью). «Омикрон» открыли недавно, но уже есть примеры смертельных исходов. Пока не накопится статистика, говорить о том, что «Омикрон» безопасней «Дельты» рано.

Но даже если бы вирус был сконструирован, как ослабленный, нет никаких оснований полагать, что он не станет опасней в ходе дальнейшей эволюции. Тем более с такой заразностью. Предсказать или контролировать результат эволюции вируса в масштабах земного шара невозможно. Но автор видимо считает, что кто-то это умеет. Хотелось бы увидеть работы, подтверждающие наличие у ученых таких суперспособностей.

Автора удивляет вставка в три аминокислоты у «Омикрона». В работе «Insertions in SARS-CoV-2 genome caused by template switch and duplications give rise to new variants of potential concern» Гарушянц, Рогозина и Кунина приводятся примеры 141 уникальной вставки в разных вариантах коронавируса SARS-CoV-2. Вставки - распространённый класс мутаций. Если вставки - свидетельство разумного вмешательства, то получается, что целые коллективы ученых день и ночь штампуют новые искусственные варианты. Можно задать и такой риторический вопрос: может ли автор объяснить появление каждой из сотен тысяч вставок в геноме человека? Может и нас сконструировали?

Тезис, что «они собрали все мутации, которые были известны» ложен.

Полно мутаций, которые есть у «Альфы», «Дельты» или «Беты», которых нет у «Омикрона». И наоборот. Ниже представлена картинка для мутаций в шиповидном белке. Цветами выделены пересекающиеся у разных вариантов мутации.

Действительно, в «Омикроне» есть мутации, которые встречаются в других вариантах. Но то же самое можно сказать и про «Дельту», которая совпадает с «Эпсилон» мутацией L452R или про «Бету», которая совпадает мутациями «E484K» и «L18F» с «Гаммой». При этом 26 мутаций шиповидного белка «Омикрона» отсутствуют у «Альфы», «Беты», «Гаммы», «Дельты» и «Эпсилон». При этом получается очень странная логика: по мнению автора, некто сконструировал ослабленный вирус, но зачем-то накидал в него мутации из патогенных вариантов вроде «Дельты».

В совпадениях некоторых мутаций между вариантами тоже нет ничего удивительного. Какие-то мутации, вроде D614G могли достаться «Омикрону» от общего предка с другими вариантами. Кроме того, все варианты SARS-CoV-2 мутируют за счет случайных изменений генома, но при этом эволюционируют в похожих условиях - в людях. Мы видим далеко не все мутации, которые возникают: большинство из них отбраковываются естественным отбором. Остаются полезные для вируса мутации. Такие могут независимо возникнуть у разных вариантов и зафиксироваться.

Сам факт, что у «Омикрона» много мутаций, которые ранее не встречались вместе, говорит о том, что его разумное конструирование маловероятно. Если предсказать влияние одной мутации еще кое-как можно, то предсказать взаимодействие десятка мутаций - совсем сложная задача. Иными словами, заранее знать, как себя поведет такой вирус, было невозможно. А значит добиться каких-то целей с его помощью проблематично. Если же «Омикрон» выводили лабораторной эволюцией, то зачем утверждать, что «они собрали все мутации», если никто мутации не собирал.

Единственная загадка в том, почему у «Омикрон» в целом так много мутаций. Ответ на него требует тщательного исследования. И все же несколько нормальных гипотез уже предложили.

Во-первых, вирус мог эволюционировать в изолированной популяции людей, больных ВИЧ (где-то в Африке, где «Омикрон» и был впервые обнаружен). ВИЧ убивает Т-клетки, которые необходимы для уничтожения клеток, зараженных коронавирусом. Без них коронавирус может оставаться в пациенте надолго. В то же время B-клетки иммунной системы сохраняются и производят антитела, от которых вирус со временем учится уходить. Действительно, есть исследование о ВИЧ-положительной женщине из Южной Африки, которая более полугода болела коронавирусом SARS-CoV-2. Эта гипотеза могла бы объяснить как быструю эволюцию «Омикрона», так и умение уходить от антител.

Во-вторых, предок «Омикрона» мог перескочить к животным, а от них обратно к человеку. В животных темпы накопления мутаций могли отличаться.

Пока рано говорить, как именно появилась «Омикрон» и как он повлияет на ход пандемии. Но на сегодняшний день не представлено никаких весомых аргументов в пользу его искусственного создания. Увы, иногда ученые публично выдают неподтвержденные гипотезы за нечто «совершенно очевидное».

источник: https://scinquisitor.livejournal.com/197808.html

И от себя добавлю: А еще стоит учитывать, что для вируса естественна эволюция к большей контагиозности и меньше патогенности. Если нам повезет и иммунитет на Омикрон сработает на остальные штаммы, эпидемия и правда может закончится и это будет естественным образом. Хочется на такое надеяться, но данных пока мало