Главная (Newsland) Наука будущего OpenWorm: цифровая модель червя-нематоды в браузере

21.04.2014 04:00

OpenWorm: цифровая модель червя-нематоды в браузере

Крошечная нематода, или круглый червь Caenorhabditis elegans длиной около миллиметра — один из самых изученных организмов на Земле. Это первый многоклеточный организм, геном которого был полностью секвенирован. У C. elegans два пола — самцы и гермафордиты. Взрослая гермафордитная особь состоит всего из 959 клеток, а её нервная система — из 302 нейронов. Все связи между нейронами C. elegans (коннектом) также полностью описаны. Обилие всесторонней научной информации об этом черве и относительная простота его устройства несколько лет назад вдохновили сотрудников лаборатории моделирования сложных систем института систем информатики имени А. П. Ершова СО РАН создать исчерпывающую компьютерную модель C. elegans.

Со временем проект привлёк несколько десятков участников по всему миру, однако продолжал оставаться малоизвестным и недоступным для широкой публики: не так-то просто разобраться в том обилии исходных данных, касающихся устройства червя, и множестве подсистем модели, написанных на разных языках программирования, не говоря уже о том, чтобы установить и запустить всё это у себя на компьютере. В то же время, C. elegans широко используется при изучении биологии, и возможность «погонять» модель червя, с подробностями и в динамике рассмотреть, как он устроен, трудно переоценить.

Поэтому команда проекта решила сделать модель доступной онлайн — чтобы любой желающий смог просто зайти на сайт проекта и заглянуть в «матрицу» в которой обитает виртуальный организм. В этом и заключается суть проектаOpenWorm на Кикстартере.

Создатели модели рассчитывают собрать 120 тысяч долларов. За первые сутки собрано около 10% этой суммы, так что шансы на успех довольно неплохие. Бэкерам, готовым пожертвовать от 49$ будет дана возможность завести на сайте проекта персональную модель C. elegans и наблюдать за её «жизнью» — изучить организм изнутри и снаружи с помощью трехмерной визуализации и наблюдать мельчайшие, вплоть до отдельных клеток, подробности его жизнедеятельности.

Кроме этого будет создан онлайн-курс, объясняющий как устройство самого червя, так и алгоритмы и технологии, использованные при создании его модели. Весь исходный код модели будет по-прежнему доступен под открытой лицензией. Онлайн-курс OpenWorm academy обещают начать уже летом этого года, а работу над сайтом с симуляцией червя рассчитывают закончить следующей весной.

Источник: http://habrahabr.ru/post/220095/

3 10 954

Наука будущего

6500 участников

Смотрите также

Слышь, тезка. Пришла мне как-то идея одной интересной узкоспециализированной железяки. Пару друзей удалось заинтересовать. Скинулись деньгами на комплектующие и ту работу, которую сами не могли сделать, распределили, кто чего разрабатывать будет. Сообразили на троих старт-ап, в общем. Затем понадобился нам программист. Пытались уговорить четвертого присоединиться. А тот сказал - только за зарплату. Ладно взяли на зарплату. И каждому новому, кого втягивали в это дело, в первую очередь предлагали войти в качестве акционеров. Ни один не согласился, несмотря на то, что мы были готовы полностью распределить проценты поровну (это не шутка). НИ ОДИН не согласился. И через год оказалось, что первые три - фактически владельцы новой компании с десятком наемных работников.

По твоей логике я - тоже буржуй, пьющий кровь трудового народа?

2 Экспертное мнение

Сергей Метик ответил Иванов Сергей

2014-04-21

# 35812524

Да, разумеется. Но Вашей вины здесь нет, поскольку Вы такая же жертва архаичных общественных отношений, построенных на шкурном "интересе". В плановой экономике, если Вам пришла в голову идея "одной интересной узкоспециализированной железяки", Вы не кустарите в гараже, а СВОБОДНО занимаете место в системе общественного разделения труда, где сможете наиболее полно и масштабно реализовать свою идею. Задача координации экономической деятельности возлагается на социалистическое государство, в котором все равно трудятся, равно получают. Сейчас государство отстранилось от управления экономикой, оставив за собой "функции" распределения "финансовых потоков", поэтому - "спасение утопающих - дело рук самих утопающих"...

0 Экспертное мнение

Иванов Сергей ответил Сергей Метик

2014-04-21

# 35812588

В идеальном мире - да. А в реальности в СССР парочку моих бредовых идей с треском прокатили на научном совете. Примерно через 3 - 5 лет видел их реализацию в архаичном капиталистическом обществе. Такие дела.

1 Экспертное мнение

Александр Филиппов ответил Иванов Сергей

2014-04-21

# 35812633

Сергей!

С огромным уважением отношусь к таким предпринимателям, как Вы.

Но в нашем обществе обостренное чувство социальной несправедливости в период перестройки возникло не напустом месте. Это как же могло случиться, что буквально за 5-10 лет появились долларовые миллиардеры, которые приватизировали промышленность и недры за копейки. Доходило до того, что отдельный футболист стоил дороже среднего завода. Здесь, кстати, чубайсовская афера с ваучерами сыграла большую роль. Надо отдать должное новоявленным миллиардерам - сколотить такие состояния непросто даже в условиях беззакония. Но когда Абрамович покупает яхту стоимостью в половину Мистраля, а в это время на его шахте гибнет около сотни шахтеров из-за того, что экономили на системе безопасности, то народ не может этого не видеть. Почему такое могло произойти? Но это тема статьи в другом месте.

Поэтому, Сергей, постарайтесь не принимать такие высказывания на свой счет.

3 Экспертное мнение

Иванов Сергей ответил Александр Филиппов

2014-04-21

# 35812779

Я принимаю эти высказывания на счет системы, в которой я живу и которая на сегодня - самая прогрессивная и работоспособная, при всех ее недостатках. Недавно ехал в машине, слушал "В звездном вихре времен" из 2032, и просто накрыло пониманием, что жизнь в сегодняшних США ближе к коммунизму, чем могла бы быть к этому времени в СССР.

Опять же, я не говорю, что современный капитализм - это хорошо. Но это то, что работает лучше всего остального.

Говоря о России... не смогли социализм построить, и вместо капитализма построили черт знает что.

UPD.

И, кстати, я уже не предприниматель. Мы продались одной большой компании, что оказалось выгоднее для всех, т.к. у них уже были разработки в этом направлении. Так что, сейчас я просто наемный работник (хотя и с акциями).

1 Экспертное мнение

Александр Филиппов ответил Иванов Сергей

2014-04-21

# 35814310

Большей частью с Вами согласен.

Но главное для Вас, что Вы при деле, при любимом деле.

Это для мужика самое важное.

1 Экспертное мнение

Иванов Сергей ответил Александр Филиппов

2014-04-21

# 35814901

Это да. Родственники ругаются, что в отпуск нормальный не хожу (на неделю - максимум, чтобы поплавать вдоволь). Типа, "всех денег не заработаешь". Никак не объяснить, что просто не хочу. В лаборатории веселее.

0 Экспертное мнение