Один из красногвардейцев направил револьвер на священника и в упор выстрелил ему в лицо...

1 февраля 1918 года в Петрограде происходило неслыханное кощунство: большевики решили закрыть Александро-Невскую Лавру. Гремел набат Лаврских колоколов и близстоящих храмов. Река православного люда стекалась к Лавре на защиту святыни. Красноармейцы с пулеметами были готовы стрелять в безоружных людей.

В это время отец Петр шел к митрополиту Петроградскому Вениамину. На входе в Лавру он увидел красноармейцев, угрожавших женщинам. Батюшка вступился за этих женщин. Один из красногвардейцев направил револьвер на священника и в упор выстрелил ему в лицо. Пуля попала в нижнюю челюсть и прошла в шею. Ранение было очень тяжелым. Врачи не смогли помочь. Попрощавшись с супругой и получив благословение митрополита Вениамина, отец Петр отошел ко Господу. Отпевал его Владыка в сослужении епископов. Похоронили батюшку на Лаврском кладбище.
Лавру юридически упразднили, но фактически она жила до начала 30-х.

Протоиерей Петр стал первым священником в Петрограде, погибшим от рук богоборческой власти.
В статье, опубликованной сразу же после похорон пастыря, профессор Александр Бронзов писал: «...По крайней мере, не забудем, не должны забыть данного им его мученическою кончиною всем нам урока! Будем же учиться у него, как и нам жить, как и нам смело и безбоязненно проповедовать Христа, Его слово правды. Будем поддерживать в себе, подобно ему, искорку божественную, чтобы не превратиться нам в существ, думающих только об одном материальном, об одном Молохе...
Для нас личности, подобные отцу Петру, всегда будут светлыми маяками, одно воспоминание о которых всегда благотворнейшим образом станет действовать на нас и будет охранять нас от ошибок, от слабости, от падений...»

31 марта 1918 года в храме Московской Духовной Семинарии Патриарх Тихон молился об упокоении рабов Божиих, за веру и Церковь Православную убиенных.

Это была первая служба, посвященная новомученикам. Помянул Святейший Патриарх и отца Петра Скипетрова.

В 34-м после полного закрытия Александро-Невской Лавры власти решили ликвидировать и Тихвинское кладбище. Могила отца Петра, наряду с прочими, подлежала уничтожению. Антонине Николаевне, супруге почившего пастыря, было предложено перенести прах мужа на другое место. Переносить прах не хотелось: Лавра была местом пролития мученической крови отца Петра. К тому же, на Тихвинском кладбище рядом с могилой священника были похоронены и пятеро их с матушкой детей. Но и оставлять останки мученика нельзя было. Необходимо было обезопасить их от возможного поругания.

Антонина Николаевна не знала, что ей делать. «Матушка, ты не беспокойся, мы (т.е. отец Петр и дети) никуда не поедем, а останемся на старом месте», - разрешил смущения своей супруги отец Петр, явившись ей во сне в ночь после полученного ею известия. Могилы остались нетронутыми.
Священномучениче, отче Петре, моли Бога о нас!