В России ищут способ воздействия на коронавирус на молекулярном уровне

Ученые СамГТУ впервые получили компьютерную модель белка-хеликазы коронавируса и теперь ищут пути воздействия на него на молекулярном уровне. По их мнению, в дальнейшем это поможет найти эффективный препарат для лечения COVID-19. Результаты исследования опубликованы в журнале Current Computer-Aided Drug Design.

Хеликазы – это класс ферментов, которые есть во всех живых организмах. Их основная функция это разделение двух цепей молекулы ДНК или внутримолекулярных связей в РНК. Именно хеликазы способствуют распространению коронавируса в организме посредством репликации.

Ученые Самарского государственного технического университета (СамГТУ, Самарский политех) исследовали хеликазу коронавируса и обратились к компьютерному моделированию для поиска ее ингибиторов – веществ, избирательно угнетающих активность хеликазы.

По его мнению, понимание механизма работы этого белка на микроуровне облегчит поиск потенциальных эффективных лекарственных препаратов для лечения COVID-19.

Ученый также добавил, что в настоящее время единственным доступным "оружием" против коронавирусов, обладающим доказанной эффективностью, являются вакцины, некоторые из которых имеют целый перечень противопоказаний и побочных эффектов.

Между тем, по его оценкам, спорным остается вопрос, связанный с эффективностью существующих химиопрепаратов для лечения уже заболевших пациентов.

Созданная виртуальная модель белка-хеликазы является упрощенной для исследования самого белка, однако помогает увидеть поведение хеликазы при переходе от свободного состояния к связыванию с малой молекулой-ингибитором. По словам ученых, такие модели позволяют использовать компьютерные расчеты для прогнозирования поведения комплексов белок-лиганд на молекулярном уровне.

"Нами было показано, что полость изучаемого белка может связываться с соединениями, имеющими каркасный фрагмент, напоминающий структуру алмаза. Такие соединения уже используются для лечения различных заболеваний и могут стать отправной точкой при разработке новых препаратов для борьбы с коронавирусами", – отметил заведующий кафедрой органической химии Самарского политеха Юрий Климочкин.

По мнению ученых, предлагаемый подход подходит для создания молекул, взаимодействующих с другими вирусными хеликазами.

Дальнейшая задача научного коллектива – продолжить поиск ингибиторов репликации SARS-CoV-2. Исследование поддержано грантом РНФ 21-73-20103.